Выявление РНК коронавируса SARS-CoV-2 с определением генетических линий особого эпидемиологического значения: британский штамм (B.1.1.7), южноафриканский штамм (B.1.351) и бразильский штамм (P.1) (генотипирование)

Вирус SARS-CoV-2 принадлежит к роду Betacoronavirus (подрод Sarbecovirus) семейства Coronaviridae. Геном SARSCoV-2 кодирует неструктурные белки, четыре структурных белка (спайковый [S], оболочечный [E], мембранный [M], нуклеокапсидный [N]), а также ряд предполагаемых вспомогательных белков. Внедрение SARS-CoV-2 в клетку хозяина требует связывания вирусного белка S с рецептором ангиотензинпревращающего фермента 2 (ACE-2) клетки-хозяина. Спайковый белок SARS-CoV-2, особенно его рецептор-связывающий домен (RBD), является мишенью для естественного и вакцинно-индуцированного иммунитета. Таким образом, изменение гена, кодирующего спайковый белок, потенциально может повлиять на свойства вакцины, естественный иммунитет и эффективность терапии с применением моноклональных антител. В процессе репликации вирусов, особенно РНК-вирусов, таких как SARS-CoV-2, в их геноме происходят изменения (мутации). Оперативное выявление замен, вставок или делеций, которые могут повлиять на свойства вируса или могут снизить эффективность медицинских мероприятий (подходы к лечению и вакцинации) является важным инструментом эпидемического мониторинга. Отслеживание мутаций вируса способствует формированию более полного представления о потенциальных путях и динамике передачи инфекции и позволяет своевременно предупреждать распространение вируса.

В природе существует несколько тысяч штаммов вируса SARS-CoV-2. Их принято объединять в крупные группы, называемые кладами. Было предложено несколько различных номенклатур клад для SARS-CoV-2. В декабре 2020г., согласно классификации по Rambaut и др соавторов, было идентифицировано пять основных линий (A, B, B.1, B.1.1 и B.1.177) вируса SARS-CoV-2.

На данный момент наибольшую известность получили три штамма (линии):

  • Британский штамм (линия B.1.1.7) - впервые был выявлен в Великобритании осенью прошлого года. В декабре ему был присвоен статус варианта, вызывающего опасения (VOC-202012/1). Известно, что этот штамм быстрее распространяется и чаще привод к летальному исходу.
  • Южноафриканский штамм (линия B.1.351) - впервые обнаружен в Южной Африке в октябре 2020 года. Этот вариант имеет общие мутации со штаммом, обнаруженным в Великобритании, и, по-видимому, он на 50% более трансмиссивный, чем ранее выявленные штаммы вируса. Однако на данный момент нет данных, позволяющих предположить, что это с большей вероятностью приведет к тяжелому заболеванию или смерти пациента.
  • Бразильский штамм (линия P.1) - впервые был зарегистрирован в Японии у четырех путешественников из Бразилии, и считается, что он, возможно, начал распространяться в южноамериканской стране примерно в октябре. Опасен тем, что некоторые его мутации могут влиять на антитела, полученные при более ранней версии инфекции COVID-19, что значительно увеличивает риск повторного заражения.
Стоимость услуги2 900 Р
Взятие материала для ПЦР диагностики550 Р
Итого
3 450 Р
Улица, дом
Выберите предпочтительный способ связи
Время выполнения - 2 дня
Подготовка к анализу